Химическая ионизация (ХИ) является «мягким» методом ионизации, применение которого полезно в тех случаях, когда при ЭИ не наблюдается молекулярного иона. При ХИ молекулы исследуемого вещества в паровой фазе не подвергаются бомбардировке электронами с высокой энергией. Газ-реагент (обычно метан или изобутан) вводится в источник и ионизируется. Молекулы исследуемого вещества сталкиваются с ионизированными молекулами газа-реагента (CH₅⁺, C₄H₉⁺ и т.д.) при относительно высоком давлении в камере химической ионизации и подвергаются вторичной ионизации путем переноса протона с образованием ионов [M+1]⁺, электрофильного присоединения с образованием [M+15]⁺, [M+29]⁺, [M+41]⁺. Фрагментация при ХИ оказывается незначительной, так как избыточная энергия, которая переносится на молекулы образца во время ионизации, мала.

ХИ обычно используется для получения интенсивных пиков молекулярных ионов, протонированных или катионированных молекул.

Оборудование:
– хромато-масс-спектрометр высокого разрешения с двойной фокусировкой  DFS «ThermoFisherScientific», США